Несовпадающая нумерация страниц

Не знаю, устроит ли вас способ, который я здесь предложу, так как он выглядит громоздким.
1. Сделайте нумерацию в верхнем колонтитуле сквозной, независимо от номера секции.
2. "Скройте" искусственно нижний колонтитул путем установки минимально возможных значений для нижнего поля листа и нулевого значения отступа нижнего края листа от колонтитула.
3. Создайте нап первом листе фрейм (напр., с помощью макроса Word InsertFrame):
    Application.Run macroname:="InsertFrame"
4. Измените границы фрейма таким образом, чтобы он совпадал левой и правой границами с полосой основного текста, а сам фрейм разместите в нижней части листа, имитируя нижний колонтитул.
5. Измените свойства фрейма таким образом,  чтобы был привязан по якорю к листу и не перемещался вместе с текстом - т.е., чтобы текст его обтекал.
6. Скопируйте фрейм и вставьте его на каждом листе. При вставке фрейм должен вставать на эту же позицию внизу листа.
7. Внутри фреймов листов первой секции разместите поле { SEQ S1 }, внутри фремов второго листа - поле  { SEQ S2 } и т.д.
Пример для двух секций во вложении к сообщению.

MBT, не могли бы вы выложить пример документа с вашим решением - у меня не получается с его помощью реализовать требования из начального поста.

"Фрейм" - это понятие Word, специальный объект (аналоги есть и в других программах).  Это отдельная область для размещения текста или графики, подобно текстбоксу (но есть некоторые отличия). Когда-то функции работы с фреймами входили в меню Word, а теперь куда-то спрятаны.

Lukich, по указанной вами ссылке я не нашел примера, отвечающего вашим начальным требованиям. Если можно, прикрепите к ответу пример найденного вами документа Word, отвечающего вашим требованиям.