Нужно вставить в начало и в конец документа

Предлагаю такой подход: написать основную программу, где идет цикл обработки всех файлов, и подпрограмму обработки каждого файла, которая будет вызываться в цикле для обработки очередного файла.

Для добавления шапки и конца предлагаю создать два файла с нужными материалами и в подпрограмме обработке файла вставлять их содержимое, используя InsertFile, напр.:
                               Selection.InsertFile FileName:="C:\Temp\shapka.doc"

Для чистки колонтитула надо в него перейти, выделить весь текст, выполнить Delete и вернуться в основную полосу текста, напр. (приведен пример для чистки верхнего колонтитула):
                               Application.Run MacroName:="ViewHeader"
                               Selection.WholeStory
                               Selection.Delete
                               ActiveWindow.ActivePane.View.SeekView = wdSeekMainDocument

Мне трудно судить, почему возникает у вас ошибка исполнения. Возможно, надо все операторы, обрабатывающие открытый файл, проверить: должны ли они работать как у вас написано, либо в связке с WordObj. Мне кажется, создание объекта WordObj усложняет процесс. По поводу оператора, на котором произошла ошибка: у меня на нем ошибка не происходит, но почему-то курсор не всегда возвращается в основную полосу. Поэтому этот оператор в своем примере заменил на оператор Selection.EscapeKey.

Вот что получилось (запускать на исполнение надо программу ProcessFiles):

Sub ProcessFiles()
Dim mypath As String
Dim MyFile As String
Dim adoc As Document
mypath = "C:\Temp\Files\"
MyFile = Dir(mypath)
Do While MyFile <> ""
    If MyFile Like "*.doc*" Then
        Set adoc = Nothing
        On Error Resume Next
        Set adoc = Documents.Open(mypath & MyFile)
        On Error GoTo 0
        If Not (adoc Is Nothing) Then
            ProcessFile
        End If
        adoc.Close savechanges:=wdSaveChanges
    End If
    MyFile = Dir
Loop
End Sub

Sub ProcessFile()
'Чистка верхнего колонтитула
Application.Run MacroName:="ViewHeader"
Selection.WholeStory
Selection.Delete
Selection.EscapeKey
'Чистка нижнего колонтитула
Application.Run MacroName:="ViewFooter"
Selection.WholeStory
Selection.Delete
ActiveWindow.ActivePane.View.SeekView = wdSeekMainDocument
Selection.EscapeKey
'Вставка шапки
Selection.HomeKey Unit:=wdStory
Selection.InsertFile FileName:="C:\Temp\Filestoadd\shapka.doc"
'Вставка концевика
Selection.EndKey Unit:=wdStory
Selection.InsertFile FileName:="C:\Temp\Filestoadd\okonchan.doc"
End Sub

Еще раз спасибо, но я не совсем смог применить Вашь код. Дело в том что вторая часть, вот эта:

Sub ProcessFile()
'Чистка верхнего колонтитула
Application.Run MacroName:="ViewHeader"
Selection.WholeStory
Selection.Delete
Selection.EscapeKey
'Чистка нижнего колонтитула
Application.Run MacroName:="ViewFooter"
Selection.WholeStory
Selection.Delete
ActiveWindow.ActivePane.View.SeekView = wdSeekMainDocument
Selection.EscapeKey
'Вставка шапки
Selection.HomeKey Unit:=wdStory
Selection.InsertFile FileName:="C:\Temp\Filestoadd\shapka.doc"
'Вставка концевика
Selection.EndKey Unit:=wdStory
Selection.InsertFile FileName:="C:\Temp\Filestoadd\okonchan.doc"
End Sub

отлично работает, но как одиночный макрос сам по себе в одном документе, а что делать с первой частью я не соображу.  С первой части вот с этой:

Sub ProcessFiles()
Dim mypath As String
Dim MyFile As String
Dim adoc As Document
mypath = "C:\Temp\Files\"
MyFile = Dir(mypath)
Do While MyFile <> ""
    If MyFile Like "*.doc*" Then
        Set adoc = Nothing
        On Error Resume Next
        Set adoc = Documents.Open(mypath & MyFile)
        On Error GoTo 0
        If Not (adoc Is Nothing) Then
            ProcessFile
        End If
        adoc.Close savechanges:=wdSaveChanges
    End If
    MyFile = Dir
Loop
End Sub

делаю отдельный макрос, запускаю его и ничего не происходит. Я так понимаю что нужно запустить как Вы написали ProcessFiles и выполняясь она сама будет запускать ProcessFile для каждого нового файла из дерриктории где храняться doc файлы. Но как вписать вторую часть внутрь первой? Куда вписывать и в каком виде не могу никак разобраться. Если Вам не трудно соедините пожалуйста их для пакетной работы. Заранее благодарю!

Еще несколько раз все перепроверил на втором компьютере. Макрос ProcessFiles не запускает ProcessFile. Что может быть не так?

На всякий случай, проверьте, установлено ли у вас в строке
                mypath = "C:\Temp\Files\"
действительное значение вашего пути к файлам :}