Две концевые ссылки на одно и то же

Что за они? Видимо, у вас только перекрестные ссылки. И вам надо дерево переделать в кустик.

Если я правильно понял, вам надо одинаковые концевые сноски заменить одной первой + перекрестные ссылки на нее вместо остальных.

Этого достаточно, если сделать не повреждая уже имеющиеся перекрестные ссылки (то есть, их закладки). Так проще, чем отслеживать еще и цепочки перекрестных ссылок. Можно, вторым этапом, и деревья перекрестных ссылок заменить кустиками, но это уже оптимизация, работать будет и так.

Просто не выйдет. Нужен макрос поиска одинаковых сносок, их удаления и замены перекрестной ссылкой, без повреждения/смещения прилегающих закладок.

У меня нет.

Макросы это не уникальный вариант. Все то же можно делать руками, только дольше. В данном случае, надо включить отображение закладок и подобрать такой метод вставки перекрестной ссылки вместо сноски, чтобы закладки, имеющиеся вокруг сноски, оставались вокруг перекрестной ссылки. Думаю, не трудно. Если сносок мало, то и быстро.

Вручную это легко сделать, если владеть Вордом:
1) Включить затенение полей (чтобы сразу отличать перекрестные ссылки).
2) Уметь копировать (Ctrl+C) и вставлять (Ctrl+V).
3) Уметь просматривать две разных области документа (кнопки "Разделить", "Новое окно", "Рядом" и др.), чтобы видеть, что осталось удалить в списке источников, пока работаем с текстом.

Далее работаем по принципу конвейера. Копируем первую перекрестную ссылку, прокручиваем документ вниз и заменяем нужные перекрестные ссылки (а также удаляем сноску, вместо нее вставляем ссылку). То же самое делаем с остальными перекрестными ссылками.

Самое главное разбить задачу на маленькие подзадачи, т.е. прокручивать документ и делать всего одну простую операцию (Ctrl+V), тогда не ошибетесь и не запутаетесь. Известно, что чем меньше операций человек одновременно делает, тем он более эффективно их делает. И наоборот, если человек делает одновременно много операций, то его производительность снижается в геометрической прогрессии, т.е. непропорционально сильно по сравнению с количеством задач.

Если бы пользовался концевыми сносками я бы сделал так, поскольку задача разовая - сделал диплом и забыл.

Если коротко, то это нельзя обойти. Перекрестные ссылки в любом случае придется вставлять заново.

К сожалению, в Ворде нет инструментов для объединения документов с перекрестными ссылками. Нет даже возможности обеспечить уникальность закладок в разных документах, чтобы эти документы можно было объединить гарантированно без проблем, т.е. без того, чтобы некоторые перекрестные ссылки указывали не туда, куда нужно. Создатели Ворда могли бы хотя бы дать возможность добавлять уникальный префикс к именам закладок в конкретном документе, но даже этого нет. В случае списка источников все еще сложнее, поскольку одноименные источники из разных документов должны стать одним источником.

Ссылки на источники я оформляю с помощью перекрестных ссылок на Абзац. Недостаток такого подхода в том, что приходится переставлять источники, чтобы расположить их в порядке цитирования. Но зато это более универсальный подход - при необходимости можно отсортировать источники по алфавиту. И при этом все ссылки на источники действительно являются перекрестными ссылками, что проще для понимания и, наверно, проще как для программной, так и для ручной обработки.

В моем шаблоне есть очень удобный диалог для вставки перекрестных ссылок. Также есть макросы для преобразования перекрестных ссылок в обычный текст и для их выделения цветом, чтобы было сразу видно, какие перекрестные ссылки нуждаются в замене. Я бы вставлял перекрестные ссылки заново. Но вы уже все оформили с помощью сносок. Трудно сказать, надо ли вам сейчас менять принцип оформления.